債權金額的不確定性

整個施工項目經歷投標簽約、施工建設、變更簽證、質保維修，而在當事人雙方沒有辦理最終工程款結算之前，工程款債權金額也一直存在不確定性，可能多于合同金額，也可能少于合同金額。即使雙方簽訂的是固定總價合同，也會因為變更簽證、各類費用索賠等原因導致最終結算價款的調整。此外，辦理結算所需要的資料、辦理的程序又較為復雜和繁瑣，少則數月、多則數年，由此也導致工程款債權金額長期處于不確定狀況。

工程款債權轉讓后會影響施工合同履行

工程款債權轉讓只能解決施工企業的特定債務問題，但由此將導致本施工項目內部資金的外溢。具體而言，如施工企業將工程款債權轉讓予項目以外的第三人，第三人無需履行施工的管理、技術指導、安全責任等，但隨著債權轉讓則將導致本項目的工程款流向項目以外，極可能導致施工企業資金不足，勢必進一步會影響到施工質量、施工工期的滯后，最終影響發包人及其他相關主體的利益。

工程款債權轉讓可能還會涉及到社會問題

在建設工程項目中，勞務費用預算一般占到工程造價總額的30%左右，而這些勞務費用需要根據施工進度作為農民工工資專項支付給農民工。如果施工企業將工程款債權轉讓給本項目以外的第三方，那么勢必會影響到農民工工資及時、足額的收取。如果施工企業不能通過自身資金盤活，那么在春節等特殊時點，將會形成大規模農民工討薪事件，從而引發社會穩定和諧問題。